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微生物や菌類などバイオの働きを使って作った燃料のこと。環境影響が小さく、有機性廃棄物からも製造できるため、循環型社会における石油系燃料の代替として注目される。現在では、下水汚泥や食品廃棄物などを原料とするメタンガス、廃食用油を使ったディーゼルエンジン用燃料、サトウキビなどを使ったエタノールなどの製造技術が開発されている。地球温暖化における各国の取り組みを定める議定書では、バイオ燃料の使用に関しては二酸化炭素排出分とみなさないため、各国で導入の動きが活発化しつつある。
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