微生物の働きを利用してし尿を処理するトイレ。原則として、洗浄水やし尿処理水を公共用水域などへ放流したり排出したりしない技術を用いる。大きく分けて、水洗式と水が不要な方式の２種類がある。水洗式は、土壌やカキガラ、木質チップなどを生物処理の補助剤や接触材に採用して処理を促す。コスト面や立地条件から、下水道や浄化槽などを設置するのが難しい地域での導入が進んでいる。
とくに山岳地帯では、近年の登山人口の増加でし尿の影響が水場に出始めているため、整備が急務となっており、富士山や日光などの観光地に設置されている。環境省は、環境技術実証事業に「自然地域トイレし尿処理技術分野」を設けて、バイオトイレの技術開発と普及に力を入れている。
