河川にすむサワガニやカワゲラなどの水生生物の中には、水のきれいさの度合いによって生息できたり、できなかったりする種類がある。そうした水生生物を、水のきれいさの度合いを表す指標として用い、河川の水質を判定するのが全国水生生物調査だ。環境省と国土交通省が1984年度から行っている。水生生物を指標にするため一般の人にわかりやすく、高価な機材などがいらず誰でも簡単に参加できるよさがある。また、調査により身近な自然に接することで環境問題への関心を高める機会にもなる。同調査では河川に生息する水生生物のうち、1) 全国に広く分布、2) 分類しやすい、?水質に関する指標性が高い、30種を指標生物としている。そして、次の４階級で水質の状況を判定する。1) サワガニやカゲロウなどがすむ?は「きれいな水」、2) ゲンジボタルやスジエビなどは?の「やや汚い水」、3) タニシやヒルは?の「きたない水」、4) アメリカザリガニやセスジユスリカなどは?の「大変きたない水」。2007年度の同調査には約８万人が参加し、全国3586調査地点のうち「きれいな水」と判定された地点が全体の58％を占めた。また、北海道、東北、北陸地方で「きれいな水」の割合が多かった。
