自然環境から分離した特定の微生物を利用して、土壌の汚染を分解する手法。バイオレメディエーション工法の一つ。浄化しようとする土壌に汚染を分解する微生物が生息しない場合に、ほかの場所で採取した微生物を人工的に培養し、汚染現場の一定区画に注入して汚染土壌を浄化する手法だ。
ただし、もともと生息していなかった微生物を導入することで、対象土中の生態系バランスが崩れることへの懸念がある。このため、環境省と経済産業省は2005年３月に、生態系への有害性評価手法や管理手法の考え方を「微生物によるバイオレメディエーション利用指針」として示した。浄化事業計画の作成、生態系への影響評価の実施、大臣による確認などの必要性をあげている。
もう一種類のレメディエーション工法として、現場に生息している微生物を活用するバイオスティミュレーションがある。
