河川や湖沼、海岸など自然環境の現状を、植生や野生生物の生息状況とあわせて把握するために行われている全国調査。正式名称は「自然環境保全基礎調査」という。日本列島は南北に長く、山地が国土の約４分の３を占める。また、平野、盆地、丘陵地が分布するなど地形が複雑で、四季の変化がはっきりしている。こうした自然条件により、決して広くはない国土にさまざまな植生や生物種が広がっている。このような特長をもつわが国で生物多様性の保全を図っていくには、自然環境に関する現状を正しく把握することが必要不可欠だ。
緑の国勢調査は、旧環境庁が自然環境保全法に基づき1973年に開始し、現在は環境省がおおむね５年を一区切りとして実施している。1999〜2004年度に第６回調査が行われ、2005年度からは第７回調査が実施されている。このうち植生調査に関しては、従来よりも精度の高い２万５千分の１植生図への改訂が国土の約４割について終了した。また、ＧＩＳデータの作成も進められている。一方、中・大型のほ乳類に重点を置いた種の多様性調査や、干潟や藻場などを対象とする生態系多様性調査なども行われている。
