試料の中に含まれる化学物質の種類と濃度を調べる分析機器のこと。「C」は「クロマトグラフィー」の頭文字で、物質ごとの親和性を利用して分離したり生成したりする分析方法を意味する。クロマトグラフィーにより数種類の化学物質を分離して、質量分析計（MS）で種類と濃度を確認する。クロマトグラフィーに用いる移動相がガスのものをガスクロ（GC）、液体のものを液クロ（LC）と呼ぶ。
GC-MS/LC-MSは、環境分析など多くの分野で広く用いられている。とくに高い精度や確度が求められるダイオキシンなどの分析には、低濃度でも高精度で分析可能な超高感度GC-MSが使用される。また、農薬の分析にはLC-MSや高速液体クロマトグラフ（HPLC/IC）が用いられる。このほかに、超臨界流体を移動相に使う超臨界流体クロマトグラフィー（SFC）もある。
