日本古来の神道信仰に基づいてつくられた宗教施設が神社である。天皇家ゆかりの伊勢神宮、大国主神を祀る出雲大社の両神宮は、日本の神社の中でも最古の歴史を持っている。このほか、海の神を祀る住吉神社、須佐之男命（すさのおのみこと）を祀る八坂神社、ユネスコの世界遺産に指定された熊野神社、あるいは地域の守り神である氏神神社など、全国津々浦々の神社に神が祀られている。正月には明治神宮をはじめ多くの神社に初詣客が押し寄せるが、赤ちゃんの生後30日前後に地域の産土（うぶすな）神社にお参りするお宮参りなど、神社に関係のある行事も多い。
日本の古代宗教は、自然の中に霊的な力が宿るアニミズム的なものであり、神は山に住んだり、榊などの樹木に宿るものと考えられていた。祭事の際に、このような神の住む山などの前に祭壇を設けたことが神社の始まりとされ、やがて仏教伝来にともなって建築された寺院の影響もあって、社殿が設置されるようになった。こうした経緯から神社は建物だけではなく、鎮守の森と一体となって形づくられてきた。
鎮守の森は、スギの古木などが生えている場合もあるが、古くからの日本の植生や、その神社がある土地ならではの植物が生い茂っている場合が多い。たとえば、カシ、シイ、クスなどの常緑広葉樹がその代表的なものである。鎮守の森は神域として長く保護されてきたが、近年、道路建設、宅地化、田畑の拡張など、さまざまな理由で減少してきている。
しかし、地球温暖化の防止などからも、二酸化炭素を吸収する森のはたす役割が重要視されるとともに、専門家やNPOなどを中心に鎮守の森を守り育てる運動も各地で行われるようになってきた。
