環境省が、21世紀における新宿御苑のあるべき姿についての指針として2004年にとりまとめた構想。1906（明治39）年、江戸時代に信州高遠藩主内藤家の屋敷があった地につくられた新宿御苑には、ユリノキやイチョウ、ケヤキなどの巨木、サクラの名木など多様な植物遺産がある。新宿御苑100周年にあたる2006年度をめどに、こうした植物遺産を次世代に継承し、都市の緑地としての機能を維持して行くのが「環境の杜」構想だ。1) 歴史・文化遺産、植物遺産の評価と継承、2) 都市の緑地としての機能の維持・確保、3) 環境という視点からの積極的な施策展開―の３つの柱からなる。具体的には、園内に希少野生植物の絶滅防止に向けた栽培地などの施設を整備し、環境の視点から積極的に活用する。また、本構想に基づく新たな観賞温室の整備を、2011年の開館を目指して行っている。新宿御苑は、2006年に「植物園の保全活動に対する国際アジェンダ」へ登録を行ったほか、日本植物園協会により「植物多様性保全拠点園」に選定されている。
