産業廃棄物の排出事業者が、運搬や処理の流れを確認することができるように整備された、廃棄物処理法に基づくシステム。マニフェストは、排出事業者が産廃の運搬や処理を業者に委託する際に交付する管理票のことだ。マニフェストシステムは、厚生省（当時）の行政指導により1990年に始まった。産廃の収集運搬や処理は、原則として専門の業者が行うため、収集運搬や処理の状況を把握していない排出事業者が多かった。また、不法投棄などの不適正処理が起きても排出者責任を明確にすることができず、撤去や原状回復が進まなかった。
こうした状況を改善し、産廃に関する情報を処理業者などへ正しく伝えるために廃掃法が改正され、まずは医療廃棄物など特殊な産廃についてマニフェストの交付が義務づけられた。その後、1998年からはすべての産廃について交付が義務づけられた。マニフェストシステムの流れを見ると、排出事業者が産廃の処理などを委託する際に、その産廃の名称や数量、性状、運搬業者名、処分業者名などを記載したマニフェストを交付する。マニフェストには7枚つづりの紙製のものと、記載情報を電子化して、排出事業者、収集運搬業者、処分業者がネットワーク上でやりとりする電子マニフェストがある。
排出事業者はマニフェストを5年間保管するとともに、交付状況などの報告書を都道府県などへ届け出なければならない。また、収集運搬や中間処理、最終処分を行う業者も、マニフェストを5年間保管する義務がある。ただし、電子マニフェストを使用する場合には、保管や報告をする必要はない。マニフェストシステムは産廃処理だけではなく、家電リサイクルや土壌汚染対策でも制度化されている。
