太平洋赤道域の中央部にある日付変更線の付近から、南米のエクアドルやペルー沿岸にかけての広い海域で発生する海面水温が異常に上がる現象のこと。数年に一回の割合で発生する。大気の東西循環や降水分布が変動し、気圧場が太平洋をはさんで東側と西側で通年と逆になると、太平洋赤道域で吹く東風の貿易風が弱まり、西側の暖水域が東へ移動する。これにより、積乱雲や熱帯低気圧が発生する場所も東に移動し、結果として、貿易風がさらに弱まる。
エルニーニョ現象は、大気の大循環に影響を及ぼし、干ばつや洪水などの異常気象を引き起こすことがある。日本では長い梅雨が続いて冷夏になる一方、冬は暖冬になりやすく、コメなどの農作物に被害が出た例がある。また、ヨーロッパでは夏の多雨による河川の氾濫などが起こり、アフリカでは小雨による干ばつなどの被害が発生する。ただし、地球温暖化との関係については解明されていない。
エルニーニョとはスペイン語で「男の子」を意味する。これとは反対に、同じ海域で海面水温の低下が続く現象を、スペイン語で「女の子」を意味するラニーニャ現象という。
