明治時代以降、わが国は海外との文化、文明の交流が活発になった結果、さまざまな品々が輸入されることになった。動植物の種もその例外ではなく、多くの外国由来の生物が日本国内に入ってきた。もちろん古くから海外との交流によって外国の動植物が日本にもたらされているが、「外来種」の定義としては、一応、徳川幕府が開国に踏み切った時代、あるいは明治時代以降に人間の活動によって日本に入ってきた生物種とされている。
たとえば、明治時代に渡来した植物には、いまや日本各地で親しまれているメキシコ高原地帯のコスモス、戦後になって急激に勢力を拡大した北米原産のセイタカアワダチソウなどの植物がある。動物では、1918年に食用として北米より導入・飼育されはじめたウシガエル、そのウシガエルのエサとして1927年に日本に移入され、1960年頃には九州まで分布域を広げたアメリカザリガニが外来種としてよく知られている。
とくに最近になってこれらの外来生物が、生態系を乱したり、農林業、漁業などに影響を与えたり、直接人間に害を及ぼすなど、社会的な問題になってきた。たとえば、カミツキガメやアライグマ、外国産のカブトムシやクワガタなどの珍しい動物や昆虫をペットにし、飼育に飽きて捨てた結果、これらのペットが野生化して在来生物の生息を脅かしたり、釣り愛好家が北米原産のブラックバスを湖沼で釣って川や湖に放流し、在来種の魚を激減させたりするのはその一例だ。
このため、国は2004年6月に「特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律（外来生物法）」を公布した。2005年６月に施行された外来生物法は、外来生物による生態系、人の生命や健康、農林水産業への被害を防止するため、特定の外来生物を飼養、栽培、保管、運搬、譲渡、輸入することを原則として禁止した法律だ。特定外来生物に指定された外来種としては１科13属91種が定められている。これらの種を野外に放つなどの違反をすると、個人には懲役３年以下か300万円以下の罰金、法人には１億円以下の罰金が課される。
