自然再生推進法(2003年施行)に基づき、自然再生を総合的に推進するための基本的な方針。2003年3月に閣議決定された。同法は、損なわれた生態系その他の自然環境を取り戻すことを目的とし、基本方針は、自然環境を再生するために必要な「自然再生事業」の考え方や視点、手順などを示している。基本方針には、自然再生の推進に関する基本的方向として主に次の事項が記されている。1) 日本の自然を取り巻く状況としての自然環境の重要性とその有用な価値を記述するとともに、人為影響などによる生態系の劣化について記述する、2) 自然再生の方向性として、生態系の保全の取り組み推進に加え、積極的に自然再生を行う必要性を記述する。また、自然再生の3つの視点として、地域固有の生物多様性の確保、地域の多様な主体の参加・連携、科学的知見に基づく順応的な取り組みを記述する、3) 自然再生の3つの視点を踏まえた自然再生の推進に関する基本的方向として、自然再生事業の対象、地域の多様な主体の参加と連携、科学的知見に基づく実施、順応的な進め方、自然環境学習の推進などについて具体的に記述する。このほかに、自然再生協議会に関する基本的事項、自然再生全体構想と自然再生事業実施計画の作成に関する基本的事項、自然再生に関して行われる自然環境学習の推進に関する基本的事項などが示されている。基本方針は、自然再生事業の進行状況を踏まえて、おおむね5年ごとに見直されることになっている。