農作物の病虫害駆除や除草のために使われる農薬が、作物や土壌に残留すること。発がん性、遺伝毒性、催奇性が問題になる。農薬の毒性研究は現在十分とはいえず、複合毒性の研究はほとんど行われていない状態である。日本で栽培中に使われている農薬の残留についての不安は、現在登録されている約5800種類に上る農薬の残留毒性、そして発がん性などで使用禁止になった有機塩素系農薬（DDT、BHC、ディルドリン）がいまだ土中で分解されず、コメや野菜に吸収されている危険性があることである。さらに近年、国際的な市場開放が進む中で、輸入農産物に使われる防腐、防カビ、殺虫などを目的の、収穫後（ポストハーベスト）農薬の残留が大きな関心を呼んでいる。
