国際標準化機構（ＩＳＯ）が定める環境マネジメントシステム規格に、事業者が適合しているかどうかを審査する機関のこと。日本では、環境マネジメントシステム審査登録制度に基づいて、財団法人日本適合性認定協会（ＪＡＢ）のみが審査登録機関の認定および登録を行っており、2008年５月現在で29の環境マネジメントシステム審査登録機関がある。また、マネジメントシステム認証機関に対する要求事項を規定した国際規格のISO/IEC 17021が、従来のISO/IEC Guide 62（品質）、ISO/IEC Guide 66（環境）を統合した形で発行された。これに伴いＪＡＢでは新規格による移行審査を進めており、従来の環境マネジメントシステム審査登録を行う機関は移行審査後に「マネジメントシステム認証機関」と呼ばれることになる。以降期限は2008年９月14日だ。
