生産性との調和を図りながら、環境への負荷をできる限り低減していく農業のこと。エコ農業ともいう。農業には、食料の供給だけでなく国土や環境の保全など多面的な機能がある。しかし、生産性向上のために化学肥料や農薬を使い過ぎると土壌や河川などの環境を汚染する可能性があり、人の健康にも悪影響を与えかねない。また、農地の生産力の維持に欠かせない土づくりが年々減退し、連作による地力の低下や、害虫が農薬への抵抗性を強めるといった現象も確認されている。
その一方で、有機農産物など化学肥料や農薬の使用を控えた作物に対する消費者の要望が強くなり、有機農業への関心が高まっている。農林水産省は、化学肥料や化学農薬の使用を減らす「持続性の高い農業生産方式」の導入を励行。1999年に、たい肥による土づくりなどを奨励する「持続性の高い農業生産方式の導入の促進に関する法律」（持続農業法）が制定された。
2015年3月現在、持続農業法に基づき都道府県知事から認定を受けた16万6373件のエコファーマーが、有機農業などによる生産を実践している。環境保全型農業により生産されたオーガニック食品は、6次産業化の普及やそれに伴う地産地消の進展とも相まって消費者に受け入れられつつある。農業女子による取り組みも盛んだ。
制度面では、「農林物資の規格化及び品質表示の適正化に関する法律」（JAS法）に基づき、有機農産物の表示ルールなどが「有機JAS」として定められている。2006年には有機農業の推進と普及を目指す「有機農業の推進に関する法律」（有機農業推進法）が、2015年には「農業の有する多面的機能の発揮の促進に関する法律」（多面的機能発揮促進法）が施行された。
