湖沼や海域、河川など水域の底にたまった表層土などの堆積物を底質という。水底はさまざまな生物（底生生物と呼ばれる）の生息の場であり、藻やプランクトンなどの植物が繁殖する場でもある。水域の生態系を回復・保全する上で、底質環境の改善は水質の向上と合わせて重要だ。ダイオキシン類対策特別措置法は、ダイオキシン類による底質の汚染に関する環境基準を定めている。
また、国土交通省は「河川、湖沼等における底質ダイオキシン類対策マニュアル」と、「港湾における底質ダイオキシン類対策技術指針」に基づく対策を行っている。2008年５月に港湾指針が改訂され、河川マニュアルの対策と基本的な考え方が統一された。具体的には、対策の選定にあたり、ダイオキシン類を含む底質が流況によって移動しやすい水域などでは、原則としてまず掘削除去処理を選ぶことを検討すべきであるとしている。また、覆砂（ふくさ）による対策に用いる覆砂材については、ダイオキシン類の吸着効果が高い有機物や粘土・シルト分を含むものが望ましいとしている。
