わが国では、自然の素晴しい風景地を保護するとともに、自然環境の適正な利用を図るため、自然公園法に基づく自然公園制度が定められている。自然公園には、1) 国立公園、2) 国定公園、3) 都道府県立自然公園―などがある。しかし、自然公園の利用者数が増加したことで、廃棄物の投棄や野生動植物の違法な捕獲・採集などによる生態系への悪影響が各地で見られるようになった。また、手入れが行き届かずに荒廃しつつある里地・里山などの二次的自然も多い。
こうした状況を改善するには、自然公園のある地元の環境団体や、公園管理の実績をもつ団体の手を借りて、地域の実態に即したきめ細やかな管理を行っていくことが必要だ。このため、2002年４月に自然公園法が改正され、公園管理団体制度が導入された。この制度は、一定の能力をもつ公益法人やＮＰＯ法人などを公園管理団体として指定し、自然公園の管理をまかせていくことを目的としている。公園管理団体の指定は、国立公園については環境大臣が、国定公園については都道府県知事が行う。
公園管理団体の指定基準は、同法の施行規則で次のように定められている。1) 自然の風景地の保護とその適正な利用の推進を目的としていること、2) 自然環境に関する科学的知見があり、業務を遂行できる技術的な基礎があること、3) 十分な活動実績があり、業務を遂行できる人員と財政的基礎があること、4) 営利を目的としないこと、その他。
公園管理団体の業務の中でも重要なのが、風景地保護協定制度に基づく風景地の管理だ。この制度は、自然公園内にあり、土地所有者が管理しきれない自然風景地について、環境大臣や地方自治体、公園管理団体が土地所有者との間で協定を結び、代わりに管理を行うことができる仕組みだ。土地所有者にとっては管理に必要な労力やコストの負担を軽減でき、税制上の優遇措置を受けられるメリットもある。公園管理団体はこのほかにも、登山道などの巡視や補修、植生の復元、自然公園に関する情報提供、利用実態調査―など、幅広い業務を行う。
公園管理団体が指定されている国立公園は、2009年５月現在で次のとおり。1) 阿蘇くじゅう国立公園：（財）阿蘇グリーンストック、2) 知床国立公園：（財）自然公園財団・（財）知床財団、3) 上信越高原国立公園：ＮＰＯ法人浅間山麓国際自然学校、4) 西表石垣国立公園：ＮＰＯ法人たきどぅん。
